その理由は次のとおりです。
* 「何時」 特定の情報(時間)を求めています。
* "is" 「それ」という主題に一致する現在の緊張動詞です。
* "it" 時間自体を指します。
したがって、完全な文は次のとおりです。「何時ですか?」